.jpg "Реализованные проекты")
Медиатека
MGI выходит на мировой рынок!
Производитель оборудования и реагентов для NGS - компания MGI выходит на мировой рынок, включая США, с совершенно новой технологией секвенирования и анонсирует сверх-высокопроизводительный секвенатор DNBSEQ-Tx.
Производитель оборудования и реагентов для NGS – компания MGI выходит на мировой рынок, включая США, с совершенно новой технологией секвенирования и анонсирует сверх-высокопроизводительный секвенатор DNBSEQ-Tx, а первые пользователи секвенаторов MGI делятся результатами их испытаний.
Компания MGI, входящая в группу компаний BGI (Китай, США) объявила о готовности к отгрузке в США уже в апреле секвенаторов DNBSEQ и реагентов линейки CoolMPS, в соответствии с патентом 2018 года не противоречащим патентам компании Illumina. Со стороны Illumina последовал пока не удовлетворенный запрос о временном судебном запрете на ввоз данной продукции. В настоящий момент MGI в рамках предпродажной акции предлагает для исследователей из США сервис по секвенированию полного генома человека от 400$ (в зависимости от количества образцов). Поставки секвенаторов MGI в Европу начались еще в 2019 году.
На прошлой неделе группа ученых из США и Китая опубликовала на BioRxiv детальное описание реагентов для секвенирования CoolMPS, в которых используются четыре типа флуоресцентно-меченых моноклональных антител для специфичной детекции каждого типа нуклеотидов и немеченые нуклеотиды с заблокированным группой-терминатором 3’-концом для предотвращения дальнейшего синтеза. Антитела связываются только с соответствующим им типом нуклеотида, имеющим терминатор, а затем удаляются вместе с группой-терминатором, оставляя немодифицированный нуклеотид. Кроме того, каждое антитело может быть мечено более, чем одним флуорофором для увеличения силы сигнала.
В этом же препринте исследователи сообщили о проведении одноконцевых прочтений в 400 оснований и парноконцевых – в 2х150 оснований из менее, чем 50 копий матрицы. Также они привели доказательство возможного использования всего двух флуорофоров вместо четырех посредством последовательного введения двух пар меченых антител: «4-цветное секвенирование при 2-цветной передаче» (4-color sequencing on 2-color imagers), что позволит еще больше снизить вероятность ошибок, в особенности при различении G и C оснований.
Научный руководитель MGI Рэйд Дрманак, также напомнил, что используемая в секвенаторах DNBSEQ (ранее MGISEQ) технология наношариков ДНК (DNA nanoballs = DNB), основанная на репликации по принципу «катящегося кольца» без ПЦР, позволяет исключить клональное накопление ошибок полимеразы, что ведет к снижению ошибок при полногеномном секвенировании на 55% по сравнению с технологией кластерной клональной амплификации Illumina, а также предотвращению «перескоков индексов» (index hopping).
В США MGI планирует начать с поставки секвенаторов DNBSEQ-G400RS (ранее MGISEQ-2000), позволяющих получать до 1,5 ТБ данных за запуск и проводить анализ человеческого генома за 700$. В третьем квартале 2020 года в США планируется старт продаж секвенаторов DNBSEQ-Т7, позволяющих получать до 6 ТБ за запуск и стоимостью генома человека в 500$.
На прошлой неделе на ежегодной конференции «Достижения в геномной биологии и технологии» (Advances in Genome Biology and Technology = AGBT) компания MGI анонсировала сверх-высокопроизводительную систему секвенирования DNBSEQ-Tx, позволяющую секвенировать до 100 000 геномов человека в год. Основным преимуществом системы планируется чрезвычайно низкая стоимость исследования одного генома при полной загрузке системы: всего 100$. Пока это предварительные расчеты, поскольку точная стоимость системы, а также реагентов и расходных материалов не определены.
На этой же конференции ряд европейских пользователей (Швеция, Великобритания, Бельгия и Германия) продукции MGI поделились имеющимися результатами работы.
Штефан Оссовски, исследователь из Университета Тюбингена, который проводил различные полногеномные исследования человеческих геномов сообщил: «Качество данных библиотек, подготовленных без ПЦР, очень высоко, на уровне с NovaSeq от Illumina, но без «перескоков индексов». Также он добавил, что временные затраты на ручной труд приблизительно одинаковы.
Команда Оссовски сравнила системы MGI и Illumina на стандартах «Геном в бутылке» и увидела «лишь очень малую разницу в обнаруженных SNV и инсерционно-делеционных полиморфизмах». Кроме того, его коллеги смогли легко использовать для анализа данных с MGI компьютерные инструменты, разработанные для анализа данных с Illumina.
Ник Мэттьюс, исследователь из Института Изучения Рака в Лондоне, рассказал о данных, полученных на стандартных реагентах MGI и новых реагентах CoolMPS. Используя секвенатор DNBSEQ-G400 и автоматическую станцию пробоподготовки MGISP-100, его команда обнаружила, что новые реагенты производят более высококачественные данные.
Стивен Джонс, соруководитель Канадского Центра Геномных Исследований им. Михаэля Смита, рассказал о проведенном сравнении данных полногеномного секвенирования линии клеток человека на оборудовании MGI и Illumina. Было показано, что данные с MGI были «идентичными» либо «немного превосходящими» по отношению к данным Illumina по ряду параметров. Также в этой лаборатории удалось осуществить парноконцевые прочтения 150х175 оснований на MGI, увеличив длину второго прочтения, что дало некоторую дополнительную чувствительность, точность и лучшее выравнивание.
Иоаннис Рагуссис, руководитель лаборатории в Университетском Геномном Центре МакГилла, также поделился результатами работы на DNBSEQ-G400, полученным в конце прошлого года. К настоящему моменту лаборатория применила платформу для полногеномного и полногеномного бисульфитного секвенирования, РНК-секвенирования из единичной клетки. Лаборатория недавно перешла с использования HiSeq 4000 на NovaSeq и была весьма заинтересована в более гибком секвенаторе, который не требует пулирования большого количества библиотек на запуск для оптимизации затрат. Для секвенирования из единичной клетки было показано, что полученные данные подобны, хотя NovaSeq имел чуть более высокий показатель достоверных баркодов, чем DNBSEQ. После кластеризации типов клеток «конечный результат на обеих платформах был одинаков". Однако, секвенатор MGI требует меньшего пулирования библиотек и предоставляет больше прочтений за ту же цену.
Ссылки на источники информации:
