В Швеции выявили омикрон-штамм с помощью панели ATOPlex от MGI

Шведские ученые обнаружили¹ новый вариант коронавируса в образце, взятом у гражданина, вернувшегося из Южной Африки, сообщило Агентство общественного здравоохранения страны 29 ноября 2021 года.

26 ноября 2021 г. ВОЗ объявила вариант коронавируса B.1.1.529 вызывающим обеспокоенность и присвоила ему наименование «омикрон». Этот новый вариант, как выяснилось², имеет большое количество мутаций в активном сайте шиповидного белка, которые помогают вирусу лучше уходить от иммунитета (Рис.1).

Рис. 1. Шиповидный белок вариантов «дельта» и «омикрон» SARS-CoV-2.

В свете лавинообразного растущего преобладания омикрона над другими вариантами вируса, исследователи по всему миру активизировали усилия по скринингу и контролю распространения SARS-CoV-2 с помощью секвенирования образцов сточных вод. Наблюдение за сточными водами имеет большое значение в борьбе с пандемией, поскольку позволяет быстро выявлять очаги распространения вируса и его циркулирующие варианты. Результаты наблюдений могут служить основой для оперативных ответных мер со стороны системы здравоохранения.

Данный метод подходит для исследования полной последовательности вирусного генома, а также для обнаружения, эпиднадзора и отслеживания вирусов в популяции.

По мере того, как омикрон распространялся по всему миру, оборудование компании MGI использовалось³ для обнаружения, мониторинга, наблюдения и отслеживания нового варианта в более чем 70 странах мира. Так, именно с помощью технологии MGI ATOPlex, настольного секвенатора DNBSEQ-G50 и MGISP-100 ученые из Южноафриканского совета по медицинским исследованиям (SAMRC) смогли обнаружить ⁴ фрагменты омикрона в 11 из 12 проб сточных вод, собранных в Кейптауне, и эта находка коррелирует с ростом числа заболевших в городе (Рис. 2).

Рис. 2. Эпидемиология на основе анализа сточных вод (WBE) с помощью технологии ATOPlex и DNBSEQ (секвенирование ДНК наношариков).

Технология ATOPlex может не только классифицировать и отслеживать новые варианты SARS-CoV-2, включая омикрон, но также может включать настраиваемые панели для целевого наблюдения за патогенными микроорганизмами. ATOPlex охватывает ДНК, РНК и метилирование ДНК при секвенировании в области медицины, сельского хозяйства, безопасности пищевых продуктов и т.д.

Набор для подготовки библиотеки РНК ATOPlex включает этап обратной транскрипции и двухэтапную мультиплексную ПЦР, которые преобразуют вирусную РНК в библиотеки за 5 часов. Технология ATOPlex, запатентованная компанией MGI, обеспечивает высокую специфичность амплификации и низкую вероятность образования димеров.

Литература:

1. MGI ATOPlex Technology Contributes to the Discovery of the First Case of COVID-19 Omicron Variant in Sweden.

2. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. UK Health Security Agency, 2021.

3. MGI Contributes to Rapid Detection and Surveillance of COVID-19 Omicron Variant.

4. Gaofeng Ni et al. Novel Multiplexed Amplicon-Based Sequencing to Quantify SARS-CoV-2 RNA from Wastewater. Environ. Sci. Technol. Lett., 2021.

Теги: #Коронавирус #Мониторинг воды #Мониторинг сточных вод #Мультиплексная ПЦР #Омикрон-штамм #ОТ-ПЦР #ПЦР #Секвенирование #COVID-19 #DNBSEQ #MGI #NGS #SARS-CoV-2